RIP 實驗的成敗是決定測序數據質量的關鍵因素。云序生物經過多年的經驗積累,自研開發了商業化的 Genseq RIP 試劑盒,為 RIP 實驗的成功率和穩定性保駕護航。云序生物實驗室也承接 RIP-seq 以及 RIP-qPCR 業務,提供從樣品處理,文庫制備,上機測序到數據分析的一站式技術服務,助力復旦大學醫學院、上海交通大學醫學院、中科院上海植物生理生態研究所、華南農業大學動物科學學院在內的諸多研究機構的客戶發表了十余篇 RIP-seq 論文,其中不乏登上 Nature 子刊、Cell 子刊的高水平研究。
5-甲基胞嘧啶(m5C)RNA甲基轉移酶NSUN2參與了細胞增殖和轉移形成的調控,并在多種癌癥中表達上調。然而,NSUN2在胃癌(GC)中的生物學意義以及NSUN2本身的修飾尚未得到充分的研究。2021年8月9日,云序客戶溫州醫科大學第二附屬醫院盧明東團隊在Cell Death Dis(IF=9.685)上發表文章“NSUN2 modifified by SUMO-2/3 promotes gastric cancer progression and regulates mRNA m5C methylation”。該研究發現,NSUN2在胃癌中表達上調,是胃癌預后不良的預測因子。揭示了NSUN
染色體外環狀 DNA(Extrachromosomal DNA,簡稱 eccDNA) 已在許多**當中發現,并且在有些疾病當中可以充當診斷的生物標志物。然而,髓母細胞瘤( Medulloblastoma ,簡稱 MB)作為一種缺乏早期診斷方式的惡性**,在該疾病當中的 eccDNA 卻尚無研究報道。近期,云序客戶首都醫科大學三博腦科醫院的馬立新課題組在 Frontiers in Oncology 雜志上發表論文,**揭示了髓母細胞瘤患者**組織以及腦脊液當中的 eccDNA 的特征。云序生物有幸參與了該項研究當中的eccDNA 測序以及數據分析工作。
2022年11月16日,云序客戶中國農業科學院生物技術研究所普莉團隊在Advanced Science雜志(IF=17.521)“RNA 5-Methylcytosine Modification Regulates Vegetative Development Associated with H3K27 Trimethylation in Arabidopsis”。該研究發現,EMF1通過不同的表觀遺傳修飾調控營養生長階段相關基因,以影響擬南芥的發育。這揭示了一種新的RNA m5C甲基化修飾參與的表觀遺傳機制,從而為真核生物的基因調控研究提供了新的方向。云序生物有幸參與了此項研究中的m5C
2022年10月25日,云序客戶浙江大學醫學院附屬婦產科醫院程曉東教授課題組在Cell Reports雜志上發表了文章“m6A modification confers thermal vulnerability to HPV E7 oncotranscripts via reverse regulation of its reader protein IGF2BP1 upon heat stress”。本文發現,在感染HPV的細胞中,病毒E7 mRNA被N6-甲基腺苷(m6A)修飾,并被reader蛋白IGF2BP1穩定。此外,熱處理通過促進IGF2BP1聚集,形成可被泛素蛋白酶復合體系統分