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行業新聞
  • 表觀轉錄組+翻譯組實驗揭示 tRNA 的 m7G 修飾如何影響食管鱗癌中的蛋白翻譯效率

    m7G 修飾最常見于成熟 mRNA 的 5' 帽子結構當中,然而除此之外,在 mRNA 內部以及多種非編碼 RNA 當中也有發現 m7G 修飾的存在,這其中就包括 tRNA。然而,tRNA 的 m7G 修飾對于與 mRNA 翻譯效率的作用仍然有待闡明。在 2022 年 3 月發表于 Nature Communications 上的一篇論文當中,來自中山大學附屬第一醫院等機構的研究人員在食管鱗癌細胞中通過 m7G 修飾測序發現了帶有 m7G 修飾的 tRNA,并通過 Ribo-seq 等翻譯組學實驗找出了這些 m7G 修飾的 tRNA 與 RPTOR/ULK1/自噬通路蛋白翻譯效率之間的關系。

  • 1區,if=38 單細胞測序聯合空間轉錄組揭示間質性膀胱炎的免疫圖譜

    間質性膀胱炎(IC)是指膀胱疼痛綜合征,以強烈的盆腔疼痛和尿路癥狀為特征,是一種嚴重的慢性疾病。為了研究免疫在IC膀胱中的作用,四川大學華西醫院的研究者們使用單細胞RNA測序(scRNA-seq)對15名女性IC患者和9名應激性尿失禁對照組的135,091個CD45+免疫細胞進行了測序。并整合scRNA-seq與空間轉錄組學的結果,于2022年5月20日在Signal Transduct Target Ther發表文章“Integrating single-cell RNA sequencing with spatial transcriptomics reveals immune lands

  • GEO 數據上傳指南

    在完成了高通量測序分析以后,為了將用戶的實驗數據與全世界其它研究者共享,在用戶的研究轉化為論文發表之前,用戶需要先向 GEO 數據庫上傳用戶的原始數據。GEO 數據庫,全稱 Gene Expression Omnibus,中文直譯意為“基因表達集錦”,為美國國家生物信息中心(NCBI)管理的基因表達譜和 RNA 修飾譜的數據庫。

  • 連發Cell, Nature ! 空間轉錄組學技術高分文章集錦

    空間轉錄組學(Spatial Transcriptomics)是在二維平面上定位 mRNA-seq 數據的技術。常規的轉錄組測序可以揭示 mRNA 的表達信息,但無法獲得準確定位;常規的染色顯影技術以揭示特定組織區域的分子特征,但不包含準確、完整的 mRNA 表達譜信息。為了彌補這個技術缺憾,在一次實驗中同時獲取 RNA 的表達信息和 RNA 的空間位置,空間轉錄組學的方法便應運而生。2016年,空間轉錄組技術在?Science雜志上首度登場,在不久后的 2020 年就被?Nature Methods 雜志選為當年的年度方法(Methods of the Year),更在2022年短短五個月,

  • Nature 新發現:線粒體 m5C 修飾竟是腫瘤轉移的元兇!

    最近,德國癌癥研究中心等機構的研究者在 Nature 雜志上發文揭示了線粒體 tRNA 中特定位點上的 m5C 和 f5C 修飾對線粒體能量代謝的調控作用,進而促進腫瘤的轉移。該發現為癌癥治療提供了一條基于抑制線粒體 m5C 修飾的新思路。

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